El 24 de gener de 1892 s’inaugurava l’estació de FFCC de Flix amb l’obertura del tram entre Fayó i Móra La Nova gestionat per la Companyia de ferrocarrils de Tarragona a Barcelona i França (TBF) fundada el 1875. Així ho relatava un periodista, A. Riera, a La Vanguardia el dia següent:

“A las siete y cinco minutos arrancó el tren especial de inauguración que iba á efectuar la del trozo comprendido entre Mora la Nueva y Fayón. Cuatro coches y una máquina componían el tren. Almorzamos en el coche salón que se convirtió en un momento en un comedor, y una tras otra fueron pasando las estaciones que nos separaban de la primera de las dos citadas. Hízose breve el viaje gracias a la amabilidad y amena conversación, de los compañeros de expedición, y llegamos a Mora la Nueva donde la empresa de los Directos ha levantado una estación de primera clase, rodeada de jardines y compuesta de tres vastos cuerpos de edificio. Se ha dado tanta importancia á dicha estación, porque afluirán a ella muchos caminos de alimentación y por ser centro de extensa y feraz comarca. En el vasto terraplén que se extiende ante el edificio habíase levantado un altar. Desde él bendijo el sacerdote la línea que iba a recorrer la locomotora y los cientos de curiosos que se apiñaban deseosos de presenciar la ceremonia y de ver como por primera vez sobre los inflexibles carriles se deslizaba la oscura masa del tren que, animado por el vapor de agua, atravesaba el Ebro, llevando el progreso hacia hasta aquí regiones poco menos que aisladas. Subimos de nuevo a los coches después de la bendición, silbó la locomotora y partió el tren. La inauguración comenzaba. Entonces se sirvió la comida. Se salvó el Ebro por el puente de García, soberbia mole de hierro sustentada por gruesas pilas; aparecieron y desaparecieron las estaciones de Flix, Ribarroja y otra cuyo nombre no recordamos y tras un recorrido de unos 40 kilómetros, llegamos a Fayón, situado en la confluencia del Ebro y del Matarraña. […]“

L’arribada del ferrocarril representà un gran pas endavant per a aquest territori, ja que permetia per fi gaudir d’un mitjà ràpid de transport a unes poblacions que fins al moment sols havien comptat com a via de comunicació principal el riu Ebre, i amb totes les dificultats que llavors comportava la navegació fluvial (de fet, el tren fou un seriós competidor que marcà el declivi d’aquell antic mitjà de transport).

Durant molts anys, gairebé durant tot el segle XX, aquesta fou la línia principal que uní Barcelona amb la capital aragonesa i, tanmateix, Barcelona i Madrid. No seria fins a la dècada dels 80 quan es començà a prioritzar la línia de Lleida, consolidada encara més avui en dia amb el pas de l’AVE.

Així doncs, el nou sistema de transport suposà per als habitants de la Ribera d’Ebre establir uns vincles molt més intensos amb el territori del Camp de Tarragona, especialment amb Reus i Tarragona i també, de retruc, amb Barcelona. Per a Flix en particular, la presència de la línia de ferrocarril fou un dels factors que determinà i decidí la instal·lació de l’electroquímica cinc anys després, el 1897, amb tot l’impacte que ha suposat la presència d’aquest complex industrial per a la nostra població durant més d’un segle.

El 1941, la gestió de l’estació va passar a mans de RENFE després de nacionalitzar-se el ferrocarril a Espanya i des del 2004 Adif ha passat a ser la titular de les instal·lacions ferroviàries.

Per altra banda, recentment l’Ajuntament ha arribat a un acord amb Adif per llogar els edificis de l’estació a preu simbòlic, uns edificis que porten molts anys abandonats i sense cap ús. El batlle, Francesc Barbero, ha explicat que “estem negociant quedar-mos la resta de l’edifici de l’estació, perquè ja tenim llogat el pis de dalt des de fa temps, el magatzem annex i els lavabos. Pel que fa al bloc de pisos que està en molt mal estat, hem demanat que el tirin a terra i estem en tractes per tancar-ho al més aviat possible.”