A través del conveni entre l'Institut Cartogràfic i Geològic de Catalunya (ICGC) i l'Observatori de l'Ebre, s'han inventariat 1.800 mapes històrics del fons de la biblioteca del centre ebrenc. Els documents han generat una nova col·lecció especial al Catàleg de la Universitat Ramon Llull i al Catàleg Col·lectiu de les Universitats de Catalunya (CCUC) i se n'han digitalitzat els més significatius, que han estat publicats a la Cartoteca Digital de l'ICGC perquè puguen ser consultats lliurement. La biblioteca de l'Observatori de l'Ebre conserva un fons significatiu de mapes de tot el món, dels segles XIX i XX, que són el reflex de l'activitat del centre al llarg de més d'un segle.

La col·lecció de l'Observatori de l'Ebre està formada per un conjunt de mapes que inclouen des de mapes topogràfics publicats pels serveis cartogràfics oficials espanyols, amb una important representació de fulls del mapa d'Espanya a escala 1:50.000 que estaven inclosos les edicions de la Guerra Civil, fins a mapes locals de les poblacions de Roquetes, Tortosa i del Delta de l'Ebre.

També hi ha molts mapes geomagnètics, geològics, geofísics, meteorològics, cartes nàutiques, cartes del cel, alguns mapes d'estacions sísmiques o de franges de la totalitat dels eclipsis, i mapes i plànols locals de traçats de línies de ferrocarrils. També hi consta una petita joia: dos manuscrits de J. J. Landerer, un geòleg i astrònom pioner i mecenes de l'Observatori de l'Ebre.